Le programme scientifique du LEM est structuré en quatre pôles. Le pôle "Monnaie, finance, banque" regroupe les recherches en macroéconomie monétaire, en finance de marché, en intermédiation bancaire et en finance d'entreprise. Le pôle "Stratégie et management des organisations" réunit les travaux se rapportant à la théorie des organisations, aux transformations stratégiques et organisationnelles des entreprises, à l'entrepreneuriat et au management des ressources humaines. Le pôle "Gestion commerciale, logistique et système d'information" rassemble les recherches en marketing, en management des opérations ainsi que celles portant sur les systèmes d'information et d'aide à la décision. Le pôle "Economie et management de la Santé" a une vocation plus sectorielle.
Deux thématiques croisent ces quatre pôles : "Ethique économique et justice distributive", d'une part, "Mesure de l'efficacité et de la productivité", d'autre part.
L'animation scientifique de ces pôles et de ces thématiques transversales est confiée aux personnes ci-dessous: